Η άμεση επαφή του γαστρικού επιθήλιου με τις γαστρικές εκκρίσεις (γαστρικό οξύ και πεψίνη θα ήταν καταστροφική για αυτό . Η προστασία του γαστρικού επιθήλιου είναι το αποτέλεσμα συνδυασμού υπερεπιθηλιακών ,επιθηλιακών και υποεπιθηλιακών  μηχανισμών .

Ο λεγόμενος γαστρικός βλεννογόνιος φραγμός ( gastric diffusion barrier ) προστατεύει το επιθήλιο από τις γαστρικές εκκρίσεις. Η βλέννα και αλκαλικά εκκρίματα που περιέχονται σε αυτή απαρτίζουν το βλεννογόνιο  φραγμό.
Λέγοντας βλέννα ουσιαστικά αναφερόμαστε σε ένα  σύνολο γλυκοπρωτεινικών εκκρίσεων (βλεννίνες) υψηλού μοριακού βάρους με παχύρευστη και κολλώδη υφή.
 Από χημική άποψη η βλέννα είναι ένα τετραμερές που αποτελείται από τέσσερα όμοια  πεπτίδια ενωμένα μεταξύ με δισουλφιδικούς δεσμούς.
Τα βλεννογόνα αυχενικά κύτταρα  cells εκκρίνουν φωσφορολιπίδια που επικάθονται στην επιφάνεια της βλέννας δημιουργώντας με υδρόφοβη επιφάνεια .
Το HCO3- καθιστά τη βλέννα αλκαλική. Τα επιφανειακά επιθηλιακά κύτταρα εκκρίνουν ένα υδαρές υγρό με συγκεντρώσεις Na+ και Cl όμοιες με αυτές που υπάρχουν στο πλάσμα, αλλά με μεγαλύτερες συγκεντρώσεις K+ και HCO3- .
Με το τρόπο αυτό δημιουργείται ένα παχύρευστο , αλκαλικό ,υδρόφοβο προστατευτικό στρώμα πάνω από την επιφάνια του γαστρικού βλεννογόνου που αποτελείται από πρωτεΐνες ,ηλεκτρολύτες και νερό και λιπίδια.
Το στρώμα αυτό προσφέρει προστασία από τα γαστρικά υγρά, τη πεψίνη ,χολικά άλατα και γενικότερα από ουσίες που μπορούν να επιφέρουν βλάβη στο γαστρικό βλεννογόνο όπως το αλκοόλ. Ενώ παράλληλα λιπαίνει το εσωτερικό του αυλού του στομάχου περιορίζοντας την τριβή που μπορεί να προκληθεί από τη τροφή .
Η βλέννα εκκρίνεται από τρία διαφορετικά είδη βλεννώδη κυττάρων. Από βλεννώδη κύτταρα που βρίσκονται στην επιφάνεια του γαστρικού αυλού ,από τα βλεννογόνα αυχενικά κύτταρα  που βρίσκονται ανάμεσα   στο γαστρικό βόθριο και την αρχή του γαστρικού αδένα και τα αδενικά βλεννώδη κύτταρα glandular mucous cells που βρίσκονται στην αδενική μοίρα  του πυλωρικού άνδρου.
Το pH της βλέννας που παράγεται από τα κύτταρα αυτά διαφέρει. Τα κύτταρα του άνδρου παράγουν ουδέτερη βλέννα ενώ οι δυο άλλες κατηγορίες  κυττάρων παράγουν γλυκοπρωτείνες  ουδέτερες αλλά και όξινες.
Η βλέννα αποθηκεύεται σε μεγάλα κοκκία στο κυτταρόπλασμα, κοντά στη κυτταρική μεμβράνη και με εξωκυττάρωση διέρχεται από αυτή .
Το στρώμα βλέννας δεν είναι στατικό παρουσιάζει θα λέγαμε κάτι σαν  κυματισμό .Όταν η βλέννα έρχεται σε επαφή με κάποιο διάλυμα με πολύ χαμηλό pH καθιζάνει και σταθεροποιείται στο σημείο που έγινε η επαφή .
Oι πεψίνες διασπούν συγκεκριμένους πεπτιδικούς δεσμούς ,  στα μόρια των βλεννινών, με αποτέλεσμα την καταστροφή της πολυμερικής  τους μορφής και, ως εκ τούτου, διαλύουν την γέλη στο σημείο επαφής.
Κομμάτια των γλυκοπρωτεινών διαφεύγουν στον αυλό και καταστρέφονται .Η συνεχής παραγωγή βλεννινών είναι απαραίτητη για τη διατήρηση του φραγμού.

Η προστασία που μπορεί να προσφέρει η βλέννα απέναντι στο γαστρικό οξύ είναι αποτέλεσμα τριών παραγόντων. Η βλέννα καλύπτει όλη την εξωτερική επιφάνεια των κυττάρων τα μεσοδιαστήματα μεταξύ αυτών αλλά και τους γαστρικούς αδένες,
Σχηματίζει ένα αρκετά παχύ προστατευτικό στρώμα ώστε η πιθανή διάχυση  κατιόντων Η+ να περιορίζεται στο μέγιστο βαθμό. Η παρουσία σε αυτή HCO3- δημιουργεί ένα ισχυρό αλκαλικό περιβάλλον που εξουδετερώνει  μικρό αριθμό ιόντων H+ που καταφέρνει να  εισέρθει σε αυτό. Το παχύρευστο αυτό υγρό (γέλη) που δημιουργείται από τις βλεννίνες σκοπό έχει να φυλακίσει στο εσωτερικό του το HCO3- αποτρέποντας από την άμεση ανάμειξη του με Η+. Το HCO3- ουσιαστικά χρησιμεύει μόνο για την εξουθένωση Η+.
Η προστασία των γαστρικών κυττάρων είναι το συνεργικό αποτέλεσμα δράσης της βλέννας και του HCO3- .Χωρίς τη συνεχομένη παραγωγή αυτών το pH δεν θα μπορούσε να διατηρηθεί ουδέτερο απέναντι στο ισχυρά όξινο pH1 ~3 του αυλού.
Ένας άλλος καθοριστικός παράγοντας  διατήρησης του βλεννογόνιου  φραγμού αποτελεί η επαρκής αιμάτωση του γαστρικού βλεννογόνου. Η αιματική ροή εξασφαλίζει τη παροχή οξυγόνου και θρεπτικών υλικών, HCO3- στο γαστρικό βλεννογόνο ενώ παράλληλα απομακρύνει ιόντα Η+ και τοξίνες .
Σε περιπτώσεις γαστρίτιδας είτε άγχους η αιματική ροή περιορίζεται το pH μειώνεται και παρέχονται οι συνθήκες δημιουργίας γαστρικού έλκους.
Παράγοντες που ρυθμίζουν την αιματική ροή ,αποτελούν το αυτόνομο νευρικό σύστημα ,οι πεπτιδεργικοί νευρώνες  ,οι προσταγλαδίνες, o επιδερμικός αυξητικός παράγοντας EGF και ο  μετασχηματίζων αυξητικός παράγων TGF.
 O EGF και ο TGF ρυθμίζουν τη λειτουργία του εμβόλιμου κυττάρου και κατά συνέπεια την έκκριση γαστρικού οξέος.
Κυτταροπροστασία προσφέρουν μια σειρά από μόρια όπως οι προσταγλαδίνες ,οι ανοσοσφαιρίνες , νευροπεπτίδια(CGRP, NO,H2S).
 H έκκριση βλέννας διεγείρεται από τους ίδιους εν μέρει διεγέρτες που προκαλούν και την έκκριση οξέος και πεψινογόνου, ιδίως από την ακετυλοχολίνη που απελευθερώνεται από παρασυμπαθητικές νευρικές απολήξεις κοντά στους γαστρικούς αδένες. Η παραγωγή βλέννας και HCO3- αυξάνονται κατά τη πρόσληψη τροφής.
Ένας δεύτερος ισχυρός διεγέρτης  έκκρισης του HCO3αποτελούν οι προσταγλαδίνες ιδιαίτερα η προσταγλαδίνη Ε2(PGE2) .
Οι προσταγλαδίνες συμβάλουν τόσο  στην έκκριση του HCO3-    αλλά και στην αναστολή έκκρισης του γαστρικού οξέος προστατεύοντας με το τρόπο αυτό το γαστρικό βλεννογόνο από τη δράση των σαλικυλικών και της  αιθαινόλης .
 Ρυθμίζουν όπως προαναφέρθηκε την αιματική ροή  και συμβάλουν στη προστατευτική δράση του EGF και ΤΝF .
Οι προσταγλαδίνες συνθέτονται από το αραχιδονικό οξύ υπό την επίδραση των COX-1 και COX-2.Τα NSAID αναστέλλουν τη δράση της  των COX-1 περιορίζοντας με τον τρόπο αυτό   τη σύνθεση του δικαρβονικού και της βλέννης.

Εάν ιόντα Η+ επιτύχουν να εισέλθουν στο γαστρικό επιθήλιο θα προκαλέσουν βλάβες στα μαστοκύτταρα  τα οποία στη συνέχεια θα απελευθερώσουν διάφορους  μεσολαβητές  όπως η ισταμίνη  ,  οι προσταγλαδίνες  και άλλους παράγοντες δημιουργώντας ένα περιβάλλον φλεγμονής.
Η έκταση της φλεγμονής είναι καθοριστική όσο αναφορά την αντιστροφή της βλάβης. Σε περιπτώσεις ήπιας φλεγμονής η επούλωση μπορεί να επιτευχθεί με τη βοήθεια   της αυξημένης αιματική ροής. Αντιθέτως εάν η φλεγμονή είναι έντονη τότε η αιματική ροή περιορίζεται  και κατά συνέπεια μειώνεται και ο ρυθμός παραγωγής της βλέννης και του HCO3- .
Η αναστολή σύνθεσης του HCO3-  ενισχύει  την προ υπάρχουσα βλάβη του γαστρικού βλεννογόνου  από το γαστρικό οξύ. Σε περιπτώσεις βλάβης του γαστρικού βλεννογόνου αυξάνει η δράση του ενζύμου Prostaglandin E synthase με σκοπό τη σύνθεση PGE2 .
Θα πρέπει να τονιστεί ότι ο ρυθμός ανανέωσης του  επιφανειακού γαστρικού επιθήλιου είναι αρκετά γρήγορος  ανανεώνεται ανά 4-8 ημέρες σε αντίθεση με τα εμβόλιμα και τα θεμέλια κύτταρα που ανανεώνονται πιο αργά  ανά 1-3 χρόνια .